擎提前升空，使用时间停止消灭了厄普西隆的入侵部队。
由于是提前升空，悖论引擎的武装系统还不完善。
为了悖论引擎的安全，盟军主力随着悖论舰队一同撤离了英伦三岛。
虽然尤里在锡利群岛部署了大量防空武器，但都被盟军最新的超时空军团接触。
虽然设计初衷是为了对抗苏联，但显然现在威胁最大的是己经占领了莫斯科的厄普西隆军。
撤离的盟军主力组建成了远征军，依靠着悖论引擎摧毁了数十座西欧的基地，并打算摧毁位于北非的厄普西隆军事科技研究基地与最新军事科技。
然而厄普西隆的“异教”正好在那儿，成功保护住了原型机。
因为太依靠悖论引擎，现在的悖论引擎己经快没电了。
为了充电，盟军将目光放到了位于加纳利群岛拥有大量生化反应室的厄普西隆基地。
另一方面，苏军发现了厄普西隆在芝加哥新建的心灵控制增幅器，它严重威胁到了还剩余在霉国的苏军部队。
琪裁同志率领着拉丁同盟的部队，占领了这座增幅器，重新掌握了对霉国的控制。
霉国剩余的厄普西隆军为了脱离苏军的掌控，并刺杀琪裁，在底特律树立了一座心灵信标，不过一支拉丁同盟的部队发现并发动了攻击。
虽然结果保住了这个信标，但也错过了刺杀将军同志的机会。
而位于波士顿的霉国反抗军，在悖论舰队的支持下占领了一座厄普西隆的心灵信标，并控制了当地正在研发心灵支配仪的厄普西隆基地。
然而“异教”却轻易的摧毁了这座心灵信标，并指挥部队消灭了这支残余的霉国反抗军。