随后曹操听从董昭建议，于九月迁献帝于许县，他本人被封为大将军，进封武平侯。
杨奉对迁许之举非常不满，打算拦路截击，失败。
十月，曹操讨平杨奉。
十一月，曹操升任司空，行车骑将军事，总揽朝政。
这一年，曹操听从枣祗、韩浩等人的建议，开始实行屯田制。
建安二年（197年）正月，曹操讨伐割据宛城的张绣，驻军淯水。
张绣举众投降，旋即复叛，曹操长子曹昂、侄子曹安民、猛将典韦战死。
曹操引兵退还舞阴，张绣派兵来攻，被曹操击退。
张绣奔往穰城，与刘表联合。
割据淮南的袁术僭号，吕布把他的使者送到许县，袁术怒而进攻吕布，结果为吕布所破。
九月，袁术侵略陈国，曹操闻讯亲自东征袁术。
袁术得知曹操亲自来，便弃军而逃，留桥蕤等西将镇守。
曹操到后，斩杀桥蕤等将。
袁术渡淮而走，曹操也回到许县。
十一月，曹操南征荆州，到达宛城。
刘表部将邓济据湖阳，曹操生擒邓济，湖阳也投降。
之后曹操又攻下了舞阴。
建安三年（198年）正月，曹操回到许县。
三月，曹操再次南征，围攻张绣于穰城。
西月，曹操所遣的谒者裴茂率中郎将段煨讨李傕，夷三族。
五月，刘表派兵救援张绣，并打算截断曹操后路。
曹操引军退还，张绣追击，曹操军无法前行，于是结成连营，得以慢慢前进。
到了安众县，张绣和刘表联军守在险要地方，曹操军前后受敌。
曹操于是派人趁天黑在险要处挖凿一条地道，把辎重物资全部偷运过去，又设下伏兵。
天明时，张绣军认为曹操己逃走，全军追赶。