地球上一间普通出租屋内一名男子正神情激动的观看童年回忆神奇宝贝钻石与珍珠铃兰大会上小智与真嗣的6V6全员对战，当看到真嗣败于小智之手，心里愤懑之极，一激动便水灵灵地将水杯中的水打翻，落在二手电脑键盘上，脑海里一闪而过的想法是这下玩完了，紧接着全身传来酥麻感，随后便失去了意识。
等再次有意识的时候听到有人喊就叫这小子真嗣吧，这时我心里布满震惊，竟然因为意外穿越到了神奇宝贝世界，还成了自己最欣赏的真嗣，他会对自己的神奇宝贝进行多方面训练，前期吊打主角小智，当看到真嗣败在憨憨小智手里时，那叫一个气，但现在既然我成为了他，就要帮他做到以前没达到的目标。
而对于原主角小智，我是嗤之以鼻的，除了有对神奇宝贝的热爱，平时神奇宝贝基本处于放养，只有快挑战道馆时才会进行特训，到了最后好多神奇宝贝竟然还是初始形态，无疑浪费了神奇宝贝的潜力。
真嗣家庭非常富裕，平时父母忙于工作，都是哥哥雷嗣在照顾自己，真是无奈呀，为了让雷嗣给自己更多的自主权，自己时不时就展现出一些天赋，帷幕市也渐渐流传起少年天才真嗣的名号，依靠前世神奇宝贝图鉴软件及一到五部动画片的经验，从小便将同龄人远远甩在后面，成为了别人家的孩子，搞的在真嗣不知情的情况下受到仇视，当然就算知道了我也会送他们一句不中用的家伙。
转眼间10年过去，再过几天就是领取初始神奇宝贝的日子了，神奇宝贝世界并非像动画片中的那样犹如乌托邦一般的美好世界，而是一个现实社会，资源掌握在上层人士手里，平民甚至交不起联盟的税，只能成为捕虫小子或被迫加入火箭队等，不过还好真嗣的家境富裕，因为真嗣父母在联盟中还有些地位，所以特殊照顾是免不了的。
就在真嗣还在思考开始旅行后该收服些什么神奇宝贝好时，哥哥真嗣回来了，雷嗣道“真嗣，今天就是你10岁生日了，这是老哥给你的礼物，快打开看看吧”真嗣开心接过精灵